根据《财政部 商务部 税务总局关于研发机构采购设备增值税政策的公告》（2023年第41号，以下简称41号公告）规定，税务总局制定了《国家税务总局关于修订<研发机构采购国产设备增值税退税管理办法>的公告》（以下称《公告》）。现解读如下：
一、制发背景是什么？
为鼓励科学研究和技术发展，促进科技进步，国家决定延续实施研发机构采购国产设备退还增值税政策（以下简称研发机构退税政策），财政部、商务部及税务总局制发41号公告。确保研发机构退税政策落实到位，税务总局配套制发了《公告》，拟就相关征管事宜予以明确，以便征纳双方遵照执行。
二、具体适用范围是什么？
《公告》明确，适用41号公告的研发机构采购国产设备退税业务，按照本《公告》申报办理退税。
三、研发机构如何办理采购国产设备退税备案？
符合41号公告政策适用条件的研发机构，应于首次申报采购国产设备增值税退税时，凭《出口退（免）税备案表》、研发机构资质证明资料等，申请办理退税备案手续。需要提醒的是，《出口退（免）税备案表》内容填写要真实、完整，其中，“企业类型”应选择“其他单位”，“出口退（免）税管理类型”应依据资质证明材料填写“内资研发机构（简写：内资机构）”或“外资研发中心（简写：外资中心）”。
四、研发机构如何办理采购国产设备退税备案的变更和撤回？
（一）如何办理备案变更。已办理备案的研发机构，《出口退（免）税备案表》中内容发生变更的，须自变更之日起30日内，持相关资料向主管税务机关办理备案变更。
（二）如何办理备案撤回。研发机构发生解散、破产、撤销以及其他依法应终止采购国产设备退税事项的，应持相关资料向主管税务机关办理备案撤回。主管税务机关应按规定结清退税款后，办理备案撤回。外资研发中心在退税资格复审前，因自身条件发生变化，已不符合研发机构的条件，应自条件变化之日起30日内办理退税备案撤回。
五、研发机构如何进行采购国产设备退税申报？
研发机构申报采购国产设备退税时，需提交《购进自用货物退税申报表》、采购国产设备合同、增值税专用发票等资料。可办理的退税额，为增值税专用发票上注明的税额。
六、研发机构办理退税的申报期限规定如何？
研发机构采购国产设备申报期限为采购国产设备之日（以发票开具日期为准）次月1日起至次年4月30日前的各增值税纳税申报期。
同时，为持续优化营商环境，更好服务市场主体，避免纳税人因未及时收齐退税凭证而无法申报办理退税，根据《财政部 税务总局关于明确国有农用地出租等增值税政策的公告》（2020年第2号）第四条“纳税人出口货物劳务、发生跨境应税行为，未在规定期限内申报出口退（免）税或者开具《代理出口货物证明》的，在收齐退（免）税凭证及相关电子信息后，即可申报办理出口退（免）税”的规定,《研发机构采购国产设备增值税退税管理办法》明确，若研发机构未能在规定的期限内申报退税，待收齐凭证及信息后，仍可继续申报办理退税。
七、税务机关如何审核办理退税？
属于增值税一般纳税人的研发机构申报采购国产设备退税，主管税务机关经审核符合规定的，应按规定办理退税。
研发机构申报采购国产设备退税，如果发现“审核中发现疑点，经核实仍不能排除疑点”“非增值税一般纳税人申报退税”等情形，主管税务机关应采取发函调查或其他方式调查，在确认增值税专用发票真实，且发票所列设备已由上游按规定申报纳税后，方可办理退税。
八、已退税的国产设备转移或移作他用如何处理？
已办理增值税退税的国产设备，自增值税专用发票开具之日起3年内，设备所有权转移或移作他用的，研发机构须按照规定向主管税务机关补缴已退税款。补缴已退税款按以下方法计算：
应补缴税款＝增值税专用发票上注明的税额×（设备折余价值÷设备原值）
设备折余价值＝增值税专用发票上注明的金额-累计已提折旧
累计已提折旧按照企业所得税法的有关规定计算。
九、如果研发机构发生违法违规，如何处理？
研发机构骗取采购国产设备增值税退税的，主管税务机关应追回已退税款，并依照税收征管法的有关规定处理。研发机构涉及重大税收违法失信案件被依法公布信息的，研发机构将停止享受采购国产设备退税政策，并应及时办理退税备案撤回。
十、执行期限规定是什么？
修订后的《研发机构采购国产设备增值税退税管理办法》自2024年1月1日起施行，具体以增值税发票的开具日期为准。
